Монголын Үндэсний музейн Эрдэм шинжилгээний төв нь Монгол улсын соёлын өв, түүх, археологи, угсаатны зүйн судалгаа, тус музейн үзмэр цуглуулгын судалгаа, үзүүллэгийн үзэл баримтлал боловсруулах, дэглэх, сэргээн засварлах зэрэг олон талт үйл ажиллагааг шинжлэх ухааны тодорхой арга зүйд тулгуурлан хийж гүйцэтгэдэг. Тус төв нь Археологи-антропологийн сектор, Түүх-угсаатны зүйн секторын мэргэшсэн 9 эрдэм шинжилгээний ажилтантай. Тус албаны эрдэм шинжилгээний ажилтнуудын бүрэлдэхүүнд 1 доктор, 3 докторант, 3 магистр ажилладаг.

Мөн үндэсний болон олон улсын хамтарсан археологийн хээрийн шинжилгээний ангийг жил бүр ажиллуулж, малтлага, хайгуул судалгаа хийдэг нь музейн цуглуулгыг баяжуулахад чухал үүргийг гүйцэтгэж байна. Эдүгээ тус музей нь Америк, Солонгос, Герман, БНХАУ, Олон улсын Түрэг академи зэрэг судалгааны байгууллагуудтай хамтарсан археологийн судалгааны 5 төсөл хэрэгжүүлж буйгаас гадна өөрийн нөөц бололцоондоо тулгуурлан үндэсний судалгааны баг ажиллуулж, монголын эртний түүхийн судалгаанд зохих хувь нэмрээ оруулсаар байна.

Археологийн малтлага судалгааны төслүүдийг жил бүр амжилттай зохион байгуулж ирсний үр дүнд “Оны шилдэг археологийн судалгаа” аар дараах төслүүд шалгарч байв. Үүнд:

• 2017 онд Орхон аймгийн Жаргалант сумын нутаг Айрагийн гозгор хэмээх газар хийсэн  археологийн малтлага судалгаа
•  2018 онд “Умард Монгол” төслийн хүрээнд Хөвсгөл аймгийн Улаан-Уул сумын нутаг Хориг ууланд явуулсан малтлага судалгаа,
• -“Хэрлэн” төслийн хүрээнд явуулсан Хаяа худагийн түрэгийн тахилын онгоны малтлага судалгаа
• -Орхон аймгийн Жаргалант сумын нутаг Айрагийн гозгорт явуулсан археологийн судалгаа,
• 2019 онд мөн Хөвсгөл аймгийн Улаан-Уул сумын нутаг Хориг ууланд  малтлага явуулсан судалгаа

Эрдэм шинжилгээний үр дүнд нэгэн сэдэвт зохиол болон жил бүр олон арван судалгааны өгүүлэл нийтлүүлжээ. 2008 оноос хойш эрдэм шинжилгээний чиглэлээр “Нүүдэлчдийн өв судлал” сэтгүүлийг хэвлүүлж байна. “Нүүдэлчдийн өв судлал” сэтгүүлд археологи, түүх, угсаатан судлал, соёл урлаг судлалын олон тооны судалгааны үр дүнг нийтэлж, уншигчдад хүргэж байна. Түүнээс гадна музейн үзмэр судалгааны ажлыг эрчимжүүлэх тал дээр анхааран үзмэрийн эрдэм шинжилгээний тодорхойлолт бичихийн сацуу судалгааны чиглэл, түүхэн үед холбогдох төрөлжсөн үзмэрээр судалгааны өгүүлэл, каталог ном зохиол нийтлүүлж олон түмний хүртээл болгохоор чармайн ажиллаж байна.

Мөн түүхэн ой, тэмдэглэлт өдрүүдийг тохиолдуулан томоохон үзэсгэлэн зохион байгуулахаас гадна олон тооны түр үзэсгэлэнгүүд дэглэн гаргаж, үзэсгэлэнгийн каталог номуудыг хэвлэжээ. “Хүннүгийн өв соёл”, “Чингис хааны өв”, “Монгол Улс 1911-1921 он”, “XX зууны Монгол Улс”, “Ардчилсан Монгол орон” болон “Монгол гэрийн өв соёл” зэрэг каталоги, тусгай үзэсгэлэнгүүдийн танилцуулгыг монгол англи хэлээр хэвлүүлж олны хүртээл болголоо. Мөн Монгол улсын Эрдэнэсийн сантай хамтран “Монголын шилдэг үзмэрийн” дээжис зэрэг олон арван каталоги ном бүтээлүүдийг туурвижээ. [BJ1] 

Тус албаны ажилтнууд улс, орон нутгийн музейн эрдэм шинжилгээний ажилтнуудтай хамтран ажиллах, судалгааны арга зйүгээр хангах зорилгоор 2013 онд музейн эрдэм шинжилгээний ажилтнуудын анхдугаар уулзалт, сургалтыг зохион байгуулсан юм.

Мөн төрийн болон бизнесийн байгууллагын захиалгат төсөл, гэрээт ажил болон дотоод, гадаадтай хамтарсан эрдэм шинжилгээний төсөл, судалгааны гэрээт ажил гүйцэтгэх, ажлын үр дүнг олон нийтэд сурталчлан таниулах, улс болон орон нутгийн музейн ажилтнуудад эрдэм шинжилгээ – судалгааны зөвлөгөө өгөх, мэргэшүүлэх сургалт зохион байгуулах, хамтын ажиллагааг өргөжүүлэх бодлогыг баримтлан ажиллаж байна.