Сан хөмрөгийн алба нь албаны дарга, бүртгэл мэдээллийн санч, сан хөмрөгийн эрхлэгч, сэргээн засварлагч гэсэн 9 ажилтантай. Археологи, Угсаатны зүй, Үнэт, Гэрэл зураг, Уран зураг, Партизан, Бэлэг дурсгалын зэрэг 14 сан хөмрөгт монголын соёлын өвийн 60000 орчим үзмэр, эд өлгийн цуглуулгыг хадгалж байна. Сан хөмрөгт буй үзмэр, эд өлгийн зүйлийн улсын болон байгууллагын тооллого хийх, үзмэрийн арчлалт, хадгалалт хамгаалалт, сан хөмрөгийн өрөөний чийгшил, дулааныг хэмжих, тогтмолжуулах болон шинээр ирсэн үзмэрийг бүртгэх, баримтжуулах, хувийн дугаар өгөх, архив үүсгэх зэрэг асуудлыг хариуцан ажилладаг. 2017 онд АНУ-ын Элчин сайдын соёлын өвийг хамгаалах сангийн санхүүжилтээр Монголын Үндэсний музейн сан хөмрөгт Бүртгэлийн зураасан кодны систем нэвтрүүлэх төсөлийг Музей судлалын мэргэжил-арга зүйн төвтэй хамтран хэрэгжүүлж байна.