Монголын Үндэсний Музей нь монголын музейн хөгжлийн түүхэн замналыг туулж ирсэн улсын тэргүүлэх музейн хувьд өнгөрсөн үеийнхээ баялаг туршлага, өв уламжлалдаа тулгуурлан монголчуудын түүх, соёлын өвийг олж илрүүлэх, хадгалж хамгаалах, судлан сурталчилах, түгээн дэлгэрүүлэх талаар ирээдүйд чиглэсэн томоохон зорилтуудыг хэрэгжүүлэхийн төлөө бүхий л нөөц боломжоо ашиглан хөгжиж буй соёл, шинжлэх ухааны байгууллага юм.

Монгол Улсын Засгийн газрын 2008 оны 4 дүгээр сарын 9-ний өдрийн 129 дүгээр тогтоолоор “Монголын Үндэсний Түүхийн музей”-г улс, орон нутгийн музейг эрдэм шинжилгээ-судалгааны болон мэргэжил-арга зүйн удирдлага, мэдээллээр хангах чиг үүрэгтэй “Монголын Үндэсний Музей” болгон өөрчлөн зохион байгуулж, бүтэц бүрэлдэхүүнд нь зохих шинэтгэл хийжээ.

Монголын Үндэсний Музей нь одоо Бодлого төлөвлөлт, Удирдлагын хэлтэс, Эрдэм шинжилгээний төв, Музей судлал мэргэжил арга зүйн төв, Боловсрол, олон нийтийн хөтөлбөр, Маркетингийн алба, Сан хөмрөгийн алба, Аюулгүй байдал, үйлчилгээний алба гэсэн үндсэн бүтэцтэй 60 гаруй ажилтантай үйл ажиллагаагаа явуулж байна. Музейн захирлын дэргэд Эрдмийн зөвлөл, Мэргэжил-арга зүйн зөвлөл ажиллахаас гадна Захиргааны зөвлөл, Сан хөмрөгийн зөвлөл, Өмч хамгаалах байнгын зөвлөл, Сан хөмрөгийн зөвлөл, Ёс зүйн зөвлөл ажилладаг.  

Цуглуулгын хувьд Монгол улсын нийт музейн үзмэрийн 30 гаруй хувийг буюу 60 000 орчим нэгж үзмэрийг хадгалан хамгаалж, судлан шинжилж, дэлгэн үзүүлдэг судалгаа, сурталчилгааны төв байгууллага бөгөөд нийт үзмэрийн 10 гаруй хувийг байнгын үзүүллэгийн танхимаараа дамжуулан үзэгчдийн хүртээл болгож байна.